När konung Karl IX år 1602 reste hem från det polska kriget genom Österbotten, utsåg han i „Mustsor“ och Uleå socknar plats för de blivande städerna Vasa och Uleåborg. Samtidigt påtänktes utbrytning av äldre folkrikare kyrksocknar till nya och lättsköttare. År 1607 bildades av dåvarande Pedersöre och Vörå socknar, ett eget pastorat, „som fick namnet Nie Carleby“. I „Jakobstads historia“ av dr Alma Söderhjelm påstås, att „Nykarleby socken avskildes 1611 från Pedersöre, såsom framgår av dess sigill”. Före stora ofreden funnos på en tavla i sakristian av okänd författare skrivna följande rim, som sades vara upptecknade av dåvarande kyrkoherden Alanus, efterkommande till underrättelse: [Kommentar av K.V. Åkerblom.]

När man skrev ett tusen sexhundrade sju,
med flijt, märk detta, läsare, du!, —
Uti konung Carl den niondes tid
utgick mandat och befallning blid,
att nya kyrkor skulle upprättas.
Tå blev den kyrckian ny
först uppbygd i Nie-Carleby.
Av samme christlige konungh starck
fick hon ock namn och socknemark,
Av Karl den nionde (är) Nie-Carleby —
(Med) en förgyld crona med C uti
Jacobus Sigfridi Borgoensis med nijt
drev uppå thetta arbete med flijt.
[Fortsättning.]

Den första kyrkan torde, enligt ortstraditionen, varit belägen på f.d. Backmanska, numera ingeniör Th. Heikells [Kivinens] gårdsplan.

Den österbottniska allmogen bedrev på denna tid en rätt livlig kustfart på Stockholm utan att erlägga någon som helst kronoskatt och utan tull visitations kontroll. Regeringen förbjöd dock år 1614 all dylik „olaglig seglation“, och förordnade, att endast de nyanlagda städerna Vasa och Uleåborg finge hädanefter sända fartyg till rikets såkallade stapelstäder, vilka ensamt hade rätt att idka sjöfart på utlandet. Konung Gustav II Adolf, som särskilt nitälskade för handelns och sjöfartens uppblomstring i enlighet med sitt uttalande till rådet och ständerna, att „ett rikes välfärd vilar dock ytterst på dess handel och seglation“, uppmanade nu allmogen i den nybildade Nie-Carleby socken och omnäjden, att i stället så talrikt som möjligt bosätta sig nära Åminnet av Lappo älv i Leppo by, där han hade för avsikt att grunda en stad, vartill även bönderna förklarade sig villiga. År 1617 grundlades nu Nie- eller Nykarleby stad, (som dock först den 7 september 1620 erhöll sina stadsprivilegier, ett par timmar tidigare än dess grannstad Gamlakarleby), till följd av det lärde riksrådet Johan Skyttes, konungens förre informators „påminnelser“. (Hädanefter tog Nykarleby vid riksdagar och andra allmänna solenniteter alltid försteget framför Gamlakarleby). Stadsprivilegierna omfattade 16 olika paragrafer, och tillförsäkrade alla dem, som sig i den nya staden nedsatte, rätt att njuta Svea rikes stadslag, själva välja sin magistrat och sina andra ämbetsmän och driva laglig handel särskilt på Åbo och Stockholm, varjämte allmogen i Lappo, Vörå och Pedersöre socknar ålades att främst handla i Nykarleby. Borgare från andra städer fingo blott vid marknaderna besöka nämnda socknar, och allmogen blev strängt förbjuden att hädanefter idka någon som helst „bondeseglation“ och kustfart. Nykarleby stad beviljades vidare samma rätt gentemot förläningsfogdarnas såkallade landsköp med allmogen, som Åbo och Vasa erhållit vid mötet i Helsingfors 1616. Ingen kronans ämbetsman från annan ort fick vid äventyr av fängelse och böter utöva sitt, ämbete inom 4 mils omkrets från staden, varjämte ingen präst, fogde, ryttare eller knekt finge köpa sig stadsgård, tomt eller statsjord utan att i så fall nedsätta sig i staden och där erhålla burskap (=borgarrätt.) Ingen borgare fick heller lösa sig mer än sin egen tomt, ifall han ej ägde barn, som även, ville bli borgare i Nykarleby. För förekommande av bortflyttning stadgades, att envar som ville vinna burskap, måste förbinda sig att vistas minst sex år i Nykarleby efter dessa s.k. frihetsårs utgång. Skulle någon dessförinnan bortflytta, tillfölle 1/3 av allt hans lösöre staden, varjämte hans fastigheter skulle erbjudas staden till inlösen. Borgerskapet fick rätt att besöka alla marknader i Österbotten och handla och vandla där efter gällande lag.

Staden beviljades ytterligare följande förmåner: tio års frihet från alla skjutsgärder och gästningar, dock mot skyldighet att hålla gästgiveri och kosthåll; likaledes tio års frihet från all kronans skatt och tunga. Till „utrymme och mulbete“ anslogos hela Leppo by med alla dess ägor och fiskevatten samt Frösön och Torsön, vilka arvegods skulle inlösas till stadens evärdliga ägendom mot stadens skyldighet att efter frihetsårens utgång för dessa holmar betala årligen 147 riksdaler. Stadens donationsjord, upptagande 25 3/4, mantal, finge begagnas „blott till det allmännas bästa mot årligt arrende, men icke till enskildes fördel“. Halvparten av staden tillfallande sakören [böter] skulle utgå till kyrkans, skolans och andra allmänna byggnaders uppförande. Kyrkan finge staden gemensamt äga och begagna med socknen mot deltagande med 1/3 i dess underhållskostnad. Tionde delen av all stadens arvskatt skulle användas till stadens bebyggande. Stadens namn fastställdes till Nykarleby och dess vapen till „en brinnande tjärtunna med 3 eldsflammor uthur den övre botnen och på bådhe sijdhor.“ — „Konglig Majestät förbehöll sig likväl all rätt att efter sitt välbehag, tid och omständigheter ändra dessa privilegier“. — I ett särskilt kungligt brev av samma datum som stadsprivilegierna beviljades dessutom staden två års tullfrihet.