Under de första åren av sin tillvaro var stadens förvaltning organiserad i enlighet med den vanliga i den tidens svenska småstäder. Dess förste borgmästare Ljungasson Roth, som bl.a. upprättade en mantalslängd över dessa av stadens invånare, som voro äldre än 12 år, var såsom borgmästarne i allmänhet på den tiden ingen jurist, utan liksom rädmännen „vald av borgerskapet bland dess skickligaste medlemmar“. Först år 1743 föreskrevs för borgmästartjänsterna juridisk kompetens. Den av borgmästarekandidaterna och rådmännen, som fått de flesta rösterna, anmäldes hos landshövdingen för erhållande av fullmakt, efter vilkens undfående han avlade ed och installerades av magistraten, eller ifall han blivit vald till borgmästare, av landshövdingen. Den nye rådmannen ålåg därpå, att „för gäster av båda könen hålla en kollektion som här (i Nykarleby) kallas „rådmans ööhl“. Och kan man tänka sig, heter det härom, „vad ööhl det är, när herr rådmannens icke allenast första utan ock ett stycke på den andra årslönen flyger i vädret som ingenting“.

Huru många de förste rådmännen i Nykarleby, voro till antalet är icke antecknat. Den andre borgmästaren hette Anders Jönsson och hans efterträdare åter fr.o.m 1641 Josef Jakobsson. —

Under den fjärde borgmästaren Cordt Bockmöller begynte ett nytt tidskifte med avseende å stadens förvaltning. År 1652 kom densamma nämligen att subordinera i första hand under länsherren i det nya grevskapet Carleborg, vilket av drottning Kristina, såsom förut nämnts, förlänades åt hennes frände Clas Tott, son till fältmarskalken, den under namnet snöplogen från 30-åriga kriget bekante Åke Tott, vars moder Sigrid var dotter av Karin Månsdotter och Erik XIV:nde.